传统抑制泡沫的方法有两种：一是调节介质中的成分，如添加或缓慢添加发泡原料，或改变一些物理和化学参数（如pH值、温度、曝气和搅拌）或改变发酵过程，然而这些方法的效果有一定的局限性。其次，是采用机械消泡法和消泡剂两种方法消除泡沫的形成。应变选择法也可用于筛选不产生流体泡沫的细菌，从而消除发泡的内部因素，例如生产无泡沫土霉素生产菌株。对于所形成的泡沫，机械消泡和化学消泡剂消泡或两者均可用于工业。机械消泡器：这是一种物理消泡方法，利用强机械高速旋转模块打散泡沫，泡沫破裂后撞击到模块壁并重新回流至罐体内。罐内外有两种消泡方法。前者是通过将罐内的消泡浆液旋转而使泡沫破裂，后者是去除罐外的泡沫，加速喷嘴的作用，或利用离心力来消除泡沫。这种方法的优点是：避免原料浪费，减少了污染原材料的机会。

消泡剂消泡：这是利用外界加入消泡剂，使泡沫破裂的方法。当泡沫表面由表面活性剂形成时，可以加入相反性质的化学消泡剂，以降低泡沫的表面张力强度，或添加一些强极性物质的起泡剂，以对抗液膜上的空间，降低液体膜的强度，使泡沫破裂。当泡沫的液膜具有较大的表面粘度时，可以加入一些具有较小内聚力的分子剂，以降低液膜的表面粘度，从而使液体膜中的液体流失，泡沫破裂。消泡剂的作用是降低泡沫膜的表面张力强度，或降低液膜的表面粘度，或两者都有，从而达到破除泡沫的目的。消泡剂都是表面活性剂，具有较低的表面张力。如聚氧乙烯氧丙烯甘油(GPE)的表面张力仅为33X10-3N／m，而青霉素发酵液的表面张力为(60～68)X10-3N／m。