在大多数微生物发酵过程中，由于培养基中蛋白质外加表面活性剂的存在，就会在在培养基中形成泡沫。泡沫是一种胶体系统，其中气体在少量液体中分解。气体和液体由一层液膜隔开，且彼此不相连。泡沫形成有两种类型：一种是发酵液液面上的泡沫，气相中的比例非常大，并且有明显的液体边界，如发酵初期的泡沫；另一种是发酵液中的泡沫，称为液体泡沫。液体泡沫，分散于发酵液中，较稳定，与液体无明显差异或边界。发酵过程产生少量的泡沫是正常的。泡沫的多少一方面与搅拌、通风效果有关；另一方面，与培养基性质有关。蛋白质原料如蛋白胨，玉米浆、黄豆粉、酵母粉等是主要的发泡剂。糊精含量多也引起泡沫的形成。发酵过程中，泡沫的形成有一定的规律性。

发酵时起泡的方式被认为有五种：

①整个发酵过程中，泡沫保持恒定的水平；②发酵早期，起泡后稳定地下降，以后保持恒定；③发酵前期，泡沫稍微降低后又开始回升；④发酵开始起泡能力低，以后上升；⑤以上类型的综合方式。这些方式的出现是与基质的种类、通气搅拌强度和灭菌条件等因素有关，其中基质中的有机氮源(如黄豆饼粉等)是起泡的主要因素。当发酵感染杂菌和噬菌体时，泡沫异常多。起泡会带来许多不利因素，如发酵罐的装料系数减少、氧传递系统减小等。泡沫过多时，影响更为严重，造成大量逃液，发酵液从排气管路或轴封逃出而增加染菌机会等，严重时通气搅拌也无法进行，菌体呼吸受到阻碍，导致代谢异常或菌体自溶。所以，控制泡沫乃是保证正常发酵的基本条件。